Чтобы удалить элемент, нужно использовать команду item/delete_item:

svc=item/delete_item&params={"itemId":<long>}

Использование данного запроса рассмотрено в примере Создание, редактирование и удаление элементов.

{"error":<long>}	/* 0 - при удачном выполнении, при неудачном - код ошибки */