Для того чтобы очистить загрузчик сообщений, нужно использовать команду messages/unload:

svc=messages/unload&params={}

Использование данного запроса рассмотрено в примере Сообщения.

{}	/* пустой объект при удачном выполнении, при неудачном - код ошибки */