Этот запрос позволит получать данные только по активным объекта, исключая деактивированные

После Логин вы можете выполнить этот запрос, и тогда JSON ответов на запросы search_items/update_data_flags всегда будет содержать только данные по активным объектам.

svc=core/set_session_property&params={prop_name: 'skip_nonactive_items', prop_value: 1}